Кондиляртры всегда были проблематичной группой. Когда кондиляртры были описаны Коупом в 1881-ом году, Phenacodontidae (фенакодонтиды, фенакодонты, или фенакодонтовые) являлись типовым и единственным семейством этой группы. В 1885-ом году Коуп дал кондиляртрам статус отряда и поместил в него плацентарных млекопитающих с обощёнными зубными и посткраниальными характеристиками.
Более поздние исследователи (после Второй Мировой войны) были более ограничительными. Они либо включали в Condylarthra ограниченное количество таксонов, либо считали, чтоб этот термин вообще должен быть отменён. Из-за их примитивных характеристик кондиляртры считались предками нескольких отрядов копытных (Ungulata), в том числе парнокопытных, китообразных, непарнокопытных, даманов, сирен и хоботных, десмолилий, эмбритопод, литоптерн, нотоунгулят и т.п.
Протеро, Мэннинг и Фишер (Prothero, Manning & Fischer, 1988) отнесли к кондиляртрам тех животных, которые имеют следующие характеристики, но не имеют специализаций, присутствующих в более поздних и прогрессивных отрядах:
- верхняя ветвь стремянной артерии смещена к верхнему краю пирамиды височной кости, или отсутствует
- отверстие сосцевидного отростка отсутствует
- если присутствует булла, то состоит из эктотимпанной части
- сравнительно закруглённые (конические) зубы с низким рельефом верхушек
- тригониды нижних моляров укорочены в переднезаднем направлении
- большой, выступающий назад гипоконулид на М3 (нижнем третьем моляре)
- головка таранной кости короткая и массивная
Исчезновение динозавров открыло экологическую нишу для крупных травоядных млекопитающих. Некоторые кондиляртры эволюционировали, чтобы заполнить эту нишу, в то время как другие остались насекомоядными.
Это может объяснять, в частности, огромную эволюционную радиацию кондиляртров, которое мы наблюдаем на протяжении всего палеоцена, в результате чего различные группы копытных образуют доминирующее положение среди растительноядных млекопитающих в большинстве кайнозойских сообществ на суше, за исключением Австралии.
Хотя животные, о которых идёт речь в этой статье относятся к Ungulata, то есть к копытным, эта особенность (наличие копыт) не является определяющей для помещения того или иного животного в эту кладу. Несмотря на то, что у многих кондиляртров имеются небольшие копытца, наиболее древние их формы имели вместо копыт когти. А китообразные и вовсе лишены этих приспособлений.
Недавние молекулярные исследования (в том числе и ДНК) реорганизовали картину эволюции млекопитающих. Paenungulata (хоботные, сирены и даманы(это из современных)) и Tubulidentata (трубкозубые) рассматриваются как афротерии (Afrotheria) и более не считаются тесно связанными с непарнокопытными, парнокопытными и китообразными, которые являются лавразиатериями (Laurasiatheria). Это подразумевает, что копыта были приобретены по меньшей мере в двух группах независимо - в афротериях и лавразиатериях.
Следовательно, Condylarthra является полифилетическим таксоном, так как несколько групп кондилярт не тесно связаны друг с другом и имеют разное происхождение. Поэтому, как уже говорилось выше, кондиляртры считаются "мусорной корзиной" ("мусорным таксоном"). Однако истинные отношения между ними всё ещё остаются во многих случаях неразрешёнными.
